ANF "Workflow et reproductibilité" 2025
Date limite des dépôts
Le réseau MétiER en bIoinformaTique (MERIT) et l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organisent une Action Nationale de Formation (ANF) sur les principes FAIR appliqués aux langages de workflows bioinformatiques à destination des bioinformaticien·ne·s. Il s'agit d'une formation avancée et complémentaire de la formation WF4Bioinfo organisée par l'IFB.
Public visé
Bioinformaticiens souhaitant améliorer la reproductibilité de leur workflow.
Objectifs pédagogiques
À la fin de cette formation les participants :
- Auront acquis les bases et connaîtront certaines fonctions avancées des gestionnaires de workflows
- Auront écrit un workflow (proposé par l’équipe pédagogique) en Nextflow et connaîtront les bases pour le transposer en Snakemake
- Auront exécuté le workflow sur le cluster mis à disposition par l’IFB et l'auront optimisé par IA
L'école inclura des sessions mixant théorie (environ 60%) et pratique (environ 40%). Les participants implémenteront un workflow d'analyse à partir d'un script Bash en respectant les principes FAIR et de reproductibilité. Lors de ce travail, les points suivants seront abordés :
- Quels principes de reproductibilité appliquer à un workflow ?
- Utilisations avancées de Nextflow ;
- Enrichissement du code en métadonnées : lors du versionning et lors du dépôt ;
- Dépôt sur l'archive de code Software Héritage (SWH) et HAL ;
- Mise en place d'intégration continue pour garantir la qualité du dépôt du code du workflow ;
- Apport des outils de l'IA à la création d'un workflow.
Prérequis
- Disposer d'un ordinateur portable pendant toute la formation
- Avoir une bonne maîtrise d'Unix/shell : gestion de fichiers et répertoires, lancement de commandes, scripting
- Avoir une bonne maîtrise de Git en ligne de commande (pull, add, commit, push, log, branch, switch, checkout...)
- Utiliser une plateforme de partage de code comme GitHub, GitLab et savoir créer une branche, évaluer et valider une pull request.
- Maîtrise d'au moins un outil de workflow (Nextflow ou Snakemake)
- Avoir suivi le tutoriel Nextflow : https://training.nextflow.io/latest/ ou pratiquer régulièrement Nextflow
Durée
La formation s'étend sur une période de trois jours, du mardi 25 novembre 2025 à 9h au jeudi 27 novembre à 17h. Un webinaire d'introduction aura lieu deux semaines avant la formation en présentiel.
Inscriptions : https://framaforms.org/anfmeritnov2025-1749634467
Lieu
Les cours se dérouleront au centre CNRS de Villejuif. 7 rue Guy Môquet 94800 - Villejuif
Frais d'Inscription
Les agents CNRS et INRAe bénéficient d'une subvention de leur employeur. Les frais d'inscription s'élèvent à 600 € HT pour les autres participants académiques et EPIC, et à 1800 € HT pour les participants non académiques. Ces frais comprennent l'hébergement et les dîners du mardi et mercredi. Restent à la charge des participants : les frais de transport et les repas du midi qui auront lieu à la cantine du personnel CNRS (tarification locale).
Modalités d'inscription
Date limite de pré-inscription : 15 septembre 2025 (sélection des participants : mi-septembre/fin septembre 2025).
Les autres opportunités
Appels à projets
Bientôt terminé
AMI: Biologie numérique pour l’étude des systèmes dynamiques en sciences du vivant
Date limite des dépôts
(dans 10 jours)