Génomique environnementale : du génome individuel aux génomes de communautés complexes d’organismes
Roscoff (Bretagne), France, 9-13 juin 2007
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Date limite d'inscription : 1 ermars 2007
Président : J. Peter W. YOUNG
University of York, Department of Biology 3, P.O. Box 373, YORK YO10 5YW, Royaume Uni
Téléphone : +44 1904 328 630 - Télécopie : +44 1904 328 505
Mèl : jpy1@york.ac.ukVice-Président : Frédéric PARTENSKY
Station Biologique, UMR 7144 CNRS et Université Pierre et Marie Curie, "Adaptation et Diversité en Milieu marin",
B.P. 74, F-29682 ROSCOFF Cedex, France
Téléphone : 02 98 29 23 14 - Télécopie : 02 98 29 23 24
Mèl : partensky@sb-roscoff.fr
La compréhension du fonctionnement des écosystèmes nécessite une vision intégrative de la diversité génétique et fonctionnelle des composants des communautés biologiques (qui sont le plus souvent des organismes inconnus ou non-cultivables), mais aussi de leurs interactions à court et à long terme. La conférence Jacques Monod fera le point sur les développements récents dans les domaines de la génomique, métagénomique et post-génomique appliquées aux organismes d’intérêt écologique, ainsi qu’aux communautés naturelles complexes d’organismes. Elle prendra en compte la multiplicité des organismes impliqués (procaryotes, eucaryotes unicellulaires et pluricellulaires) et des environnements (terrestre, marin ou intracellulaire). Un accent particulier sera porté aux développements conceptuels et aux outils bioinformatiques. En effet, les approches de type métagénomique ou la reconstruction de génomes à partir de données de séquences environnementales, nécessitent des concepts et outils bio-informatiques nouveaux. Par ailleurs, la prise en compte du polymorphisme populationnel aboutit à une démultiplication des séquences à traiter et des algorithmes spécifiques ont du être développés. Ces approches novatrices ont permis l’émergence de nouvelles questions scientifiques et des avancées considérables sur des problèmes fondamentaux comme le fonctionnement coordonné des génomes dans une communauté complexe ou encore la dynamique et la plasticité des génomes d’organismes libres ou impliqués dans des interactions multi-organismes (symbioses, commensalisme, parasitisme, etc.).
Cette conférence réunira 29 conférenciers invités de premier plan utilisant des approches génomiques sur des modèles très variés allant des bactéries aux poissons en passant par les microalgues ou les plantes. Un accent particulier sera cependant mis sur les procaryotes pour lesquels la petitesse du génome a permis les avancées les plus spectaculaires. Par ailleurs, 8 à 10 résumés seront sélectionnés parmi ceux proposés par les participants pour être présentés oralement, les autres étant présentés sous forme de posters. Les thèmes des sessions prennent en compte les développements actuels et anticipent les avancées probables en génomique des populations, en génomique des communautés, en génomique évolutive et en génomique fonctionnelle.
Conférenciers invités
(Titres provisoires)
AINOUCHE Malika (Rennes, France) Hybridation, polyploïdie et spéciation chez les plantes
ALLEN Eric (Berkeley, USA) Génomique des communautés en écologie microbienne et évolution
AMANN Rudolf (Bremen, Allemagne) La génomique comparée des bactéries marines benthiques
BARLOY-HUBLER Frédérique (Rennes, France) Apport de la génomique sur la coévolution des organismes symbiotiques
BEJA Oded (Haifa, Israel) Métagénomique marine : accomplissements et perspectives
BLAXTER Mark (Edinburgh, Royaume Uni) La promesse d'une taxonomie basée sur la génomique comparative
BONHOMME François (Montpellier, France) Génomique à haut débit et la quête pour la variabilité adaptative chez les populations de poissons
BORK Peer (Heidelberg, Allemagne) Génomique comparative des environnements complexes
BOWLER Chris (Paris, France) Nouveaux concepts résultant de l'analyse du génome des diatomées
BOYEN Catherine (Roscoff, France) Génomique marine aux niveaux européen et internationaux: accomplissements et perspectives
CAICEDO Ana (Raleigh, USA) Plantes invasives et domestiques: apport de la génomique des populations
DELNERI Daniela (Manchester, Royaume Uni) Adaptabilité et spéciation chez les levures
FALKOWSKI Paul (New Brunswick, USA) Gènes fossiles dans la plus vieille glace sur Terre
FERRER MARTINEZ Manuel (Madrid, Espagne) Génomique comparée des bactéries impliquées dans la dégradation du pétrole
FORTERRE Patrick (Orsay, France) Virus, plasmides et vésicules contenant de l'ADN chez les Archées hyperthermophiles
HANDELSMAN Jo (Madison, USA) Application de la génomique aux microorganismes incultivés du sol
HORNER-DEVINE Claire (Seattle, USA) Une perspective écologique de la diversité bactérienne
KOONIN Eugene (Bethesda, USA) Orthologues, paralogues et génomique évolutionnaire
LERAT Emmanuelle (Villeurbanne, France) Le rôle fonctionnel des éléments transposables dans les génomes eucaryotes
MARTIN Francis (Champenoux, France) Patterns de transcription lors du développement des ectomicorrhizes
MORAN Nancy (Tucson, USA) Evolution génomique et symbiose
MURRELL Colin (Warwick, Royaume Uni) Marquage aux isotopes stables de la diversité des bactéries du sol
PARTENSKY Frédéric (Roscoff, France) Génomique comparative des picocyanobactéries marines : apports dans l'évolution de leurs complexes collecteurs de la lumière
POCH Olivier (Illkirch, France) Adaptation des vers hydrothermaux aux environnements extrêmes : apports de l'analyse génomique
SCANLAN Dave (Warwick, Royaume Uni) Adaptation aux niches écologiques chez les cyanobactéries marines : perspectives écologiques et génomiques
SCHLEPER Christa (Darmstadt, Allemagne) Etudes génomiques des Archées incultivées
SCHMITZ-STREIT Ruth (Kiel, Allemagne) Apports de la métagénomique sur la fonction des communautés complexes d'organismes
TIEDJE Jim (East Lansing, USA) Apport de la génomique pour une meilleure définition des espèces chez les procaryotes
YOUNG J. Peter W. (York, Royaume Uni) Evolution des génomes communs et accessoires des bactéries
Date limite d'inscription : 1 ermars 2007
Droits d'inscription, incluant les frais de séjour (chambre et repas)
375€ pour les doctorants
525€ pour les autres participants
Dépôt des candidatures pour inscription
Le nombre de participants est limité à environ 115 personnes. Les scientifiques et étudiants en thèse intéressés par la conférence doivent adresser avant la date limite :
- leur curriculum vitae (étudiants seulement)
- la liste de leurs principales publications des trois dernières années
- le résumé de leur présentation
à l'adresse mél suivante : eg2007@sb-roscoff.fr
Après cette date, les organisateurs sélectionneront les participants. Sauf exception admise par le Président, il est souhaitable que les candidats sélectionnés présentent leurs travaux pendant la conférence, soit sous forme d'affiche, soit par une brève communication orale en séance. Les organisateurs choisiront la forme sous laquelle se feront les présentations. Les informations sur le mode et la date de paiement seront adressées en temps voulu aux participants sélectionnés.