Joseph Schacherer
La recherche de Joseph Schacherer s’appuie sur des approches de génomique des populations et de génomique fonctionnelle pour explorer les bases génétiques de la variation phénotypique au sein des espèces, avec pour objectif de mieux comprendre les règles qui gouvernent la relation génotype-phénotype. Après une thèse (2001–2005) en génétique à l’Université Louis-Pasteur à Strasbourg, il rejoint le laboratoire de Leonid Kruglyak à l’Institut Lewis-Sigler de génomique intégrative de l’Université de Princeton (New Jersey, États-Unis), où il développe des stratégies de génomique pour étudier la diversité génétique et phénotypique intra-espèce. En 2007, il est recruté à l’université de Strasbourg et fonde son propre groupe de recherche, structuré autour de compétences complémentaires en génétique, bioinformatique, génomique des populations et analyse de données à haut débit. Ses travaux ont été soutenus par plusieurs financements d’excellence, parmi lesquels trois financements R01 des National Institutes of Health (NIH) obtenues en 2012, 2017 et 2023, ainsi qu’un ERC Consolidator en 2018. Il a été nommé membre junior de l’Institut Universitaire de France en 2016, puis membre sénior en 2025, et a également intégré l’Institut d’Études Avancées de l’Université de Strasbourg en 2017.
UnMiss – Uncovering the hidden origin behind the missing heritability
Révéler l’origine cachée de l’héritabilité manquante
Comprendre comment les différences génétiques entre individus d’une même espèce expliquent la diversité des caractères (encore appelés traits) reste un défi majeur en biologie. Grâce aux avancées en génomique, notamment au séquençage systématique et complet des génomes, les scientifiques ont pu détecter et relier des milliers de variants génétiques (mutations) à divers traits, y compris certaines maladies humaines. Pourtant, ces variants n’expliquent souvent qu’une petite part des différences observées : on parle d’héritabilité manquante.
Plusieurs pistes peuvent expliquer cette énigme : des types de variations génétiques encore mal explorés (comme les grands réarrangements au niveau des génomes), la difficulté à détecter des variants rares, des interactions complexes entre gènes, ou encore l’influence de l’environnement.
Le projet UnMiss vise à mieux comprendre l’origine de cette héritabilité manquante en utilisant un organisme modèle simple mais très utile : la levure. En étudiant de grandes populations d’individus, les chercheurs vont dresser une carte complète des variants génétiques et des traits associés. Ils intégreront aussi des données d’expression de gènes et des analyses à l’échelle de la cellule unique, pour avoir une meilleure compréhension de la relation entre génomes et caractères. L’objectif final sera d’intégrer l’ensemble des données générées pour développer une stratégie se basant sur l’intelligence artificielle afin de pouvoir prédire les caractères sur la base des génomes.
Ainsi, ce travail permettra de mieux relier le génome aux caractéristiques observées, en révélant des mécanismes encore invisibles. À terme, il pourrait aider à mieux prédire les traits complexes chez d’autres espèces, y compris l’humain.