Pommes de table, pommes à cidre : deux histoires évolutives enrichies par les pommiers sauvages ?

La pomme que nous croquons ou que nous pressons pour produire du cidre est l’héritière d’une longue histoire évolutive. Une histoire où la sélection exercée par les humains s’est accompagnée de nombreux échanges génétiques avec les pommiers sauvages rencontrés au fil de sa diffusion en Eurasie.

Chez de nombreuses plantes cultivées, notamment les céréales, la domestication s’est traduite par une forte réduction de la diversité génétique. Seul un nombre limité d’individus ayant été retenus et multipliés, une partie de la diversité présente chez leurs ancêtres sauvages a été perdue : c’est ce que les généticiens appellent un « goulot d’étranglement ». Mais qu’en est-il des arbres fruitiers pérennes, comme le pommier, dont les variétés sont multipliées par greffage et qui ont continué à se croiser avec des populations sauvages ?

Plus de 200 génomes pour retracer l’histoire des pommes.

Pour le comprendre, les scientifiques ont analysé les génomes complets de 218 pommiers. L’échantillonnage réunit des variétés cultivées destinées à la table ou au cidre, ainsi que plusieurs espèces sauvages réparties à travers l’Eurasie : le pommier d’Asie centrale (Malus sieversii), le pommier du Caucase (Malus orientalis) et le pommier sauvage européen (Malus sylvestris).

Pour ce dernier, les scientifiques ont bénéficié d’un échantillonnage particulièrement étendu, couvrant l’ensemble de son aire de répartition. Ce travail, fruit d’une large collaboration internationale, a été complété par l’analyse de l’activité des gènes et par la recherche de régions du génome associées à un caractère important pour l’adaptation du pommier : la date de floraison

Les résultats, publiés dans la revue Current Biology, confirment que les pommiers cultivés descendent principalement du pommier sauvage d’Asie centrale. Mais ils révèlent également que les pommes de table et les pommes à cidre constituent aujourd’hui deux populations génétiquement distinctes, qui ont suivi des trajectoires différentes. Au cours des derniers millénaires, la population des pommes de table s’est ainsi développée, tandis que celle des pommes à cidre a décliné.

Pommes de table et pommes à cidre : deux histoires de sélection.

L’empreinte laissée par la sélection humaine diffère également entre les deux types de pommes. Chez les pommes de table, les scientifiques identifient des traces d’une sélection intense et relativement rapide dans certaines régions du génome. Plusieurs concernent des gènes impliqués dans des caractères particulièrement importants pour la culture et la consommation des fruits, tels que la qualité, la résistance aux maladies ou encore la floraison.

Chez les pommes à cidre, la sélection apparaît, au contraire, plus diffuse dans le génome et semble s’être exercée sur une période plus longue. Ces différences témoignent de deux histoires de sélection distinctes, liées notamment aux usages auxquels les fruits étaient destinés.

Mais la sélection humaine n’explique pas à elle seule le génome des pommes actuelles. Au cours de sa diffusion vers l’ouest de l’Eurasie, le pommier cultivé s’est aussi hybridé avec les pommiers sauvages qu’il rencontrait.

Le pommier sauvage européen, un précieux réservoir de diversité.

Bien que le pommier sauvage européen, Malus sylvestris, ne soit donc pas l’ancêtre principal du pommier cultivé, il a néanmoins laissé une empreinte importante dans le génome de ce dernier. Des croisements ont permis à des fragments de son ADN d’intégrer celui des pommiers cultivés, un phénomène appelé introgression.

L’étude montre que certains de ces fragments ont ensuite été sélectionnés pour leurs caractéristiques avantageuses. Des régions du génome, associées notamment à la texture ou à l’acidité des fruits, portent ainsi la signature de ces échanges avec le pommier sauvage européen. Les scientifiques ont également identifié deux régions du génome fortement associées à la date de floraison, dont l’une a été héritée d’un pommier sauvage.

Autre résultat remarquable : les pommes cultivées présentent moins de mutations potentiellement défavorables que leurs apparentées sauvages, notamment chez les pommes de table. La domestication du pommier n’aurait donc pas entraîné l’accumulation de mutations délétères observée chez d’autres plantes cultivées, comme la vigne. La sélection humaine, associée aux échanges de gènes avec les populations sauvages, aurait, au contraire, contribué à réduire ce « fardeau » génétique.

Ces résultats dessinent ainsi une histoire originale de la domestication du pommier, dans laquelle la sélection humaine et les échanges avec les espèces sauvages se sont combinés sans entraîner un appauvrissement majeur de la diversité génétique.

Ils rappellent aussi que les pommiers sauvages ne sont pas seulement les témoins de l’histoire évolutive des variétés cultivées. Ils constituent aujourd’hui encore de précieux réservoirs de diversité génétique, dans lesquels pourraient être puisés des caractères utiles pour créer des variétés mieux adaptées aux maladies émergentes et au changement climatique. Leur conservation constitue donc un enjeu majeur pour l’avenir de la pomiculture https://cornilleeclecticlab.com/. 

Figure : Structuration génétique des pommiers cultivés (pommes de table et pommes à cidre) et sauvages (Malus sieversii, M. orientalis, M. sylvestris), échantillonnés à travers l'Eurasie, et photos de pommes de pommiers sauvages européens.

Pour en savoir plus : Chen X, Dadole R, Avia K, Venon A, Brisson M, Remoué C, Zhang D, Gabrielyan I, Nersesyan A, Roman A, Ursu T, Alhmedi A, Bylemans D, Beliën T, Rousselet A, Le Guilloux M, Dapena E, Durel C-E, Kirisits T, Volk G, Didelot F, Lemarquand A, Hance T, Cornille A. Gene flow from the European wild apple and selection shaped the domesticated apple genome. 
Current Biology, 20 avril 2026, DOI: https://doi.org/10.1016/j.cub.2026.03.048.